近年来，教育行政体制改革不断深化，各级政府及教育行政部门转变职能，简政放权，推进管办评分离。从近期出台的一系列高等教育政策和改革举措来看，其重要价值取向是扩大高校办学自主权，强化高校办学主体地位，推进高校内涵发展和质量建设。
1.制定高等学校章程
2012年伊始，教育部第31号令《高等学校章程制定暂行办法》正式实施，对章程的性质与内容、制定程序、核准与监督等做出明确规定；2014年初，教育部第35号令《高等学校学术委员会规程》颁布实施，对高校学术委员会的基本功能、组成原则、运行规则与监督机制等做出明确规定。截至2014年年底，“985工程”、“211工程”大学的章程制定工作已经完成，地方高校的章程制定工作也将在2015年年底基本完成。
高等学校章程是现代大学制度的重要载体，是高等学校依法自主办学、实施管理和履行公共职能的基本准则。高等学校章程在国家法律框架内，规定大学与政府的关系，明晰办学宗旨，保障自主办学；规定大学与社会的关系，参与社会变革，坚守大学精神；规定大学内部治理结构，明确管理和决策规则，平衡学术权力与行政权力。高等学校章程由包括高校举办者、管理者、教职工、学生以及其他利益相关者在内的代表参与制定，并由高校的举办者最终审定和颁布。可以预期，高等学校章程的制定和实施，将进一步强化高校的办学主体地位。一方面，推进高校依法治校、科学发展，坚持正确办学方向，遵循高等教育规律，完善内部法人治理结构，扎实推进内涵建设；另一方面，激发高校办学活力，调动师生员工的积极性和创造性，在人才培养、科学研究、社会服务、文化传承创新等方面开拓性地履行职能，为经济社会发展提供人力资源支撑和智力贡献。
2.取消统一印制学位证书
国务院学位委员会和教育部于2015年6月颁布《学位证书和学位授予信息管理办法》，自2016年1月1日起，学位证书由各学位授予单位（含高等学校和科研机构）自行印制，国务院学位委员会办公室印制的学位证书不再使用；同时对学位证书制发的监督与管理、学位授予信息的采集与统计做出了明确规定。
目前国内颁发的博士、硕士和学士学位证书均由国务院学位委员会或教育部制定格式和统一印制发行，涉及三级学位的中文正本、全日制、成人教育、专业学位、来华留学生及外文副本等10余种，各级学位证书均印有国徽。这种行政主导的统一格式内容和印制学位证书的办法在特定历史阶段起到了规范学位证书使用、防止滥授学位和伪造学位证书等积极作用，但随着学位工作的发展和高等教育综合改革的深化，问题也逐渐显现。一是统一印制带有国徽的学位证书，容易混淆国家学位制度和国家学位两个完全不同的概念，社会上往往将学校学位误解为国家学位；二是在中外合作联合培养中统一制发带有国徽的证书，体现不出联合培养内容，也不方便国际交流；三是统一制发学位证书难以体现学位授予单位的文化和特色，也不利于高校自主办学。可以预见，在新办法实施后，保证高校学位证书的“含金量”、应对招生和就业新挑战等问题会更加突出，这将推进高校进一步增强质量建设和特色发展意识，不断提高人才培养质量和办学声誉。
3.取消本科招生录取批次
以促进教育公平、科学选拔人才和引导学生全面发展为目标的高考招生制度改革已经于去年揭开序幕，改革内容涉及到招生分配计划调整、入学考试制度改革和招生录取机制改革等诸多方面。本着积极稳妥、试点先行的原则，上海和浙江的高考综合改革试点工作已经正式启动，其中一个重要举措就是逐步取消本科招生录取批次。
现行本科招生录取办法是，按重点高校（部属高校、省属重点大学）、地方公办高校和民办高校（含独立学院）将本科院校划分为“一本”“二本”“三本”院校，考生按批次填报志愿，高校按批次调档录取。这种做法有利于考生分流，但同时也人为地将本科高校划分为三六九等，固化了高校身份，甚至误导了考生的选择。事实上，在所谓“二本”“三本”高校中，有些专业的人才培养质量较高，甚至比重点大学还有特色，毕业生受到用人单位欢迎和社会认可，但由于录取批次的限制，往往招收不到好的生源，影响了招生录取的公平性和学校办学的积极性。取消录取批次后，将实行大平行志愿和“专业+学校”的录取方式，增加考生报考的选择权，扩大高校录取的自主权。对于专业建设水平较高且有特色的地方高校和民办高校，将有可能招收到更好的生源；而对于重点大学一些水平不高或缺乏特色的专业，则难以靠专业调剂录取高分学生，将面临生源危机。显然，这一改革举措将倒逼高校加强内涵建设，不断提高专业建设质量和整体办学水平。
4.取消高校研究生院行政审批
“研究生院”是指承担研究生培养任务的高等学校中组织实施研究生教育工作的管理机构，但长期以来，高校内部的“研究生院”成为了政府“特许授权”机构，从1984年到2003年，先后有五批56所高校经国务院或教育部批准试办研究生院。这其间在1995年，原国家教委制定颁布了《研究生院设置暂行规定》，对设置研究生院的高等学校应当具备的条件、研究生院应当履行的职责等都作了明确规定。设有研究生院的高校在招生名额、保研比例和学位授权学科点增设等方面均可享受政策优惠。而未经批准试办研究生院的高校，其相关机构一般称为“研究生部”或“研究生处”。
客观而言，通过行政审批设置高校内部组织机构的做法在特定的历史阶段具有一定的积极意义，如设有研究生院的高校承担了全国三分之二以上博士生和近一半硕士生的培养任务，在我国研究生教育和高水平科学研究中发挥了重要作用；但与《高等教育法》有关条款不能自洽，不利于高校公平竞争等问题日渐凸显。2011年，研究生院设置办法实施改革，由原来的“报批”改为“报备”，即高校设置研究生院不再需要经由教育部批准，报国务院学位委员会备案即可。2012年9月，在《国务院关于第六批取消和调整行政审批项目的决定》中，取消了研究生院设置的行政审批。至此，高校研究生院的设置回归“本位”，设有研究生院的高校不再是高水平大学的代名词。显然，这一举措将促进高校进一步强化质量意识和竞争意识，不断提高研究生培养质量。
5.扩大教育专项经费开放度
财政性教育专项经费是高校经费来源的重要组成部分，也是政府对高校进行宏观管理和分类指导的重要经济杠杆。近年来国家推出了一系列高等教育专项计划或工程，比如，实施“211工程”“985工程”，推进一批高校建设一流学科或国际知名大学；实施“优势学科创新平台”“特色重点学科项目”“中西部高等教育振兴行动计划”，支持具有地方或行业背景的高校建设优势重点学科等。这些专项计划或工程在取得显著建设成效的同时，等级身份固化、体制改革滞后、效益意识不强等问题开始显现，迫切需要改进国家重大项目的管理模式，加强动态管理，注重绩效评价，在项目支持范围与遴选条件等方面适度开放，鼓励平等竞争。
2012年，旨在建立协同创新机制、全面提升创新能力的“高等教育创新能力提升计划”（即“2011计划”）正式启动，该专项面向各类高校开放，2013年首批批准建设14个协同创新中心，4所地方高校榜上有名，在高教界引起了强烈震动。最近，中央全面深化改革领导小组审议通过了《统筹推进世界一流大学和一流学科建设总体方案》，强调要引导和支持高等院校优化学科结构，凝练学科发展方向，突出学科建设重点，通过体制机制改革激发高校内生动力和活力，推动一批高水平大学和学科进入世界一流行列或前列，提升我国高等教育综合实力和国际竞争力。可以预期，方案的实施将进一步破除高校身份壁垒，引导高校增强竞争意识和效益意识，不断深化综合改革，全面提高学科建设水平和人才培养质量。
